这也是新蜀州能顺利完工的重要原因之一。
实际上在朱清带人登陆之前，有的土著部落便流行了疫病。这些疫病是余福或更前批的探险队员无意间带去的。朱清不知道的是，外来者带去的流感、天花、痢疾这些疾病，对新大陆的土著来说，简直是生化武器。他们与世隔绝数万年，身体免疫系统根本就无法抵抗这些疾病。在今后的岁月中，正是这些疫病让各个部落人口大减，有的部落甚至因此而灭族。
欧阳轩在给流求下达探索新大陆任务之初，便专门为探险队撰写了手册，其中的注意事项提到，要推广霹雳军的卫生防疫措施，尽可能帮助土著部落抵抗疾病。余福率领的探险队在新大陆只作了短暂停留，获得了土豆、番薯、玉米等植物之后便匆匆回航。在他之前的探险队，要么全军覆灭于食人族成了食物，要么葬身在丛林泥沼之中，根本来不及落实其理念。朱清登陆之后，倒是做好了探险队自身及友善部落的卫生防疫措施，对于其他土著部落却是无能为力。
消灭传染源、隔离病人、切断疾病传播途径这些措施，虽然并不能杜绝疫病的发生，却减缓了流行程度。加之探险队医熬制的中草药和科学精心的照料，将友善土著部落的疫病死亡率降到了三成左右。其他部落便没有这种好运了，死亡率往往在七成以上。特别是有些敌对土著部落，由于保留着食人的习俗，捕获分食了探险队的病弱者，直接吃进了病原体，死亡率在九成以上，甚至整个落部全部病亡，无一幸免。
在血祭现场见识过阿兹特克人的残忍，又目睹其庞大的武士的数量，朱清回到新蜀州的第一件事，便是加固城防。他先是派人召回了在附近海岸探索的船只，又下令增高堡墙，加深壕沟。眼下探险队员只剩下了三百余人，其中不少人是病号，有战斗力的只有两百余人。这两百人中，又有一半左右正在返回的船只上。守卫新蜀州的只有不足一百人，另有友善部落的数百名武士。这点人数，让朱清实在没有底气。
朱清决定固守新蜀州。除了等待流求后续探险队的到来外，他要借用时间打败阿兹特克人。在往返特诺奇提特兰城的过程中沿途袭击探险队的部落并不多，除了土著向导绕开了危险地段外，也因为大部分部落十分好奇这些外来者，只敢远远跟着。他还敏锐地发现，沿途的有些土著部落虽然窝棚数量极多，但活动人数却少。不少村落死气沉沉，显然也在流行疫病。朱清相信，阿兹特克帝国虽然强大，但疫病将会使逐渐虚弱。疫病流行的时间越久，其攻打新蜀州的可能性越低。
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